Nesouhlasil ale s nepokoji, které po Husově upálení zachvátily zemi. Proto se po smrti Václava IV. postavil na stranu jeho dědice krále Zikmunda a záhy se stal jedním z hlavních protivníků husitů. Je odpovědný za vraždění stoupenců kalicha, ke kterému docházelo od roku 1419 v celých Čechách, zejména pak v Kutné Hoře. V březnu 1420 byl poražen Janem Žižkou v bitvě u Sudoměře a později i na Vítkově a u Vyšehradu (1420). Tyto neúspěchy způsobily, že upadl u Zikmunda v nemilost. Zemřel zřejmě roku 1423 na Moravě. Během husitských válek se zprávy o Jemništi ztrácí. Další zmínka pochází až z roku 1534, kdy je jako majitel tvrze uváděn Mikuláš Kamberský z Kamberka.
Před rokem 1593 koupil tvrz rod pánů z Říčan. Zřejmě v této době byla zdejší tvrz přestavěna v pohodlnější sídlo v renesančním slohu. Někdejší rytířské sídlo téměř úplně zmizelo a bylo nahrazeno pohodlným čtyřkřídlým zámečkem. Za třicetileté války bylo panství několikrát zpustošeno. Roku 1666 páni z Říčan Jemniště spolu se šesti vesnicemi, které ke statku patřily, prodali. Po následujících několik desetiletí se majitelé často střídali. Roku 1717 koupil panství hrabě František Adam z Trauttmansdorffu († 1762), původem ze staré štýrské rodiny. Po výstavbě nového barokního zámku se ze tvrze odstěhoval a tvrz byla využívána k ubytování panských úředníků. Od té doby každý další majitel Nového zámku býval i majitelem zámku Starého.
V roce 1995 došlo k restituci obou zámků, majetek se tedy navrátil po více jak 50 letech do rodiny Sternbergů. Jelikož byly oba zámky předávané v neutěšeném stavu (Nový zámek byl však vedle Starého skutečně jako nový), rozhodli se Petra a Jiří Sternbergovi k dlouhodobějšímu pronajmutí. Nájemci se tehdy stali manželé Jana a Otto Černých, kteří se s velkým nasazením zasazují o rekonstrukci.