Lesy na Velkém Blaníku jsou poměrně rozmanité, a proto zde můžeme nalézt mnoho druhů hub, a to i vzácných.
Ve vrcholových partiích Blaníku, které jsou tvořeny především bučinami, nalezneme mnoho druhů hub rostoucích na odumřelém dřevě i hub dřevokazných na ještě stojících stromech či na padlých kmenech. Právě různý stupeň rozkladu poskytuje vhodné podmínky pro rozmanité lignikolní houby (houby živící se rozkladem dřeva). Na stojících kmenech můžeme často spatřit troudnatec kopykopytovitý, šedě zbarvený „choroš“ s typickým kopytovitým tvarem. Troudnatec způsobuje velmi rychlou hnilobu, která zničí napadený strom za několik let. Na živých i mrtvých kmenech a pařezech roste lesklokorka ploská. Tato houba se používá v japonské lidové medicíně a byly u ní zjištěny protinádorové účinky. Mezi jedlé choroše patří choroš šupinatý, který roste na bucích na Blaníku. Šupinovka kostrbatá je hojná jedlá dřevokazná houba, která roste na bázích kmenů nebo v kořenových nábězích listnatých i jehličnatých dřevin. Houbaři bývá občas zaměňována za václavky. V pozdním podzimu nás v bučinách zaujmou porosty 2 – 10 cm vysokých niťovitých houbiček vyrůstajících přímo ze spadaných listů a větviček. Jde o nejedlou nelupenatou houbu palušku štíhlou.
Na své si v blanických lesích přijdou i houbaři. Hřibovité houby, které houbaři nejraději sbírají, se vyskytují spíše ve smrkových lesích v nižších polohách Blaníku. Kromě známých suchohřibů, hřibů smrkových apod. můžeme najít i méně známý hřib kovář, který má červený třeň a rourky a tmavě hnědě zbarvený klobouk. Roste často už od května. Při řezu dochází k intenzivnímu modrozelenému zbarvení. Před konzumací je nutná delší tepelná úprava, protože je za syrova mírně jedovatý. Méně známý je rovněž jedlý hřib nachovýtrusý, jehož klobouk, rourky i třeň jsou černohnědé. Netypicky vypadající hřib je šiškovec černý, který má na povrchu plstnaté šupiny a zespodu šedobílé rourky. Při otlačení nebo řezu nápadně červená. Plodnice jsou jedlé, ale doporučují se jíst pouze mladé klobouky. V lese můžeme najít celou řadu dalších jedlých hub – klouzků, lišek, strmělek, bedel, šťavnatek, žampiónů, slizáků, holubinek, pavučinců apod.
I v pozdním podzimu, kdy už přestávají růst hřibovité druhy, se dají sbírat jedlé houby. Jednou z nejlepších podzimních hub je čirůvka fialová, kterou poznáme podle výrazně fialové barvy klobouku a třeně, hustých lupenů a sladkého aroma. Další dobrou jedlou houbou je třepenitka maková, kterou od ostatních nejedlých třepenitek poznáme podle šedě zbarvených lupenů. Až do zimních měsíců pak v blanických lesích můžeme sbírat hojné penízovky kuželovité, máslové a sametonohé. V brzkém jaře již od února pak drobné penízovky smrkové rostoucí na smrkových šiškách.