Fauna bezobratlých živočichů je odvislá od vegetačního krytu a půdních podmínek. V rezervaci na minerálně chudých horninách se setkáváme s druhově chudými acidofilními bikovými bučinami. Na úpatí Velkého Blaníku se objevuje smíšený les.
Ke zdějším vzácným druhům plžů patří zemoun skalní, který dává přednost vlhkým suťovým lesům. Dále se zde vyskytuje např. hrotice obrácená, zuboústka sametová či vrkoč horský.
K nápadným dravým brouků patří střevlíci, z nichž se zde jen pomístně objevuje kovově lesklý střevlík Ulrichův, z větších příbuzných druhů pak střevlík vrásčitý s modrými krovkami s charakteristickou skulpturou. Hojný je zde i střevlík fialový, který má krovky hladké. Nejhojnějším střevlíkem je drobný střevlíček kovový.
K běžným lesním druhům brouků patří kovově modře zbarvení chrobáci rodu Geotrupes s nápadně vyklenutým tělem. Jejich larvy se vyvíjejí v trusu obratlovců. Na břišní straně a mezi silnýma nohama těchto chrobáků spatříme často velké množství načervenalých roztočů.
Skrytě zde žije i světle hnědě zbarvený škvor bezkřídlý.
Dlouhošíjky jsou nápadným hmyzem s dlouhým krkem (předohrudí), samičky se vyznačují dlouhým kladélkem. Larvy i dospělci se živí bezobratlými, a to především lesními škůdci, takže je považujeme za užitečné. Významnými hubiteli mšic jsou zlatoočky, zelenavě zbarvený síťokřídlý hmyz s nazlátlýma očima. Je zajímavé, že některé druhy se vzájemně dorozumívají ultrazvukem.
I v zimních podmínkách při teplotě kolem bodu mrazu se můžeme na sněhu vzácně setkat s některými zástupci hmyzu, zejména jde o bezkřídlé sněžnice. Vlhčí porosty vyhledávají příbuzné okřídlené srpice s nápadně rypákovitě protaženou přední částí hlavy a kousacím ústním ústrojím. Typický je pro ně štíhle protažený a na konci srpovitě zatočený zadeček.
K nejhojnějším bezobratlým živočichům lesů patří chvostoskoci, žijící běžně v lesní hrabance a mechu. Mají zvláštní skákací aparát umístěný na spodní straně zadečku. Drobní chvostoskoci rozmělňují zbytky rostlin a tím se podílejí na rozkladu humusu. Najdeme jich až několik tisíc na ploše jednoho čtverečního metru.
Velmi bohatá je zdejší pavoučí zvířena. Ze zjištěných druhů je zde nejvzácnější pavučenka. Vyskytuje se pod kameny hluboko zabořenými do kypré lesní hrabanky. Dalším unikátním druhem je pavouk Centromerus aequalis, obývající především místa s listím, mechem a humusem pod listnatými stromy. Naopak k nejhojnějším druhům patří pavouk plachetnatka keřová, která je tvůrcem vodorovných sítí s dlouhými svislými vlákny. U křižáka obecného je nápadná na hřbetě světlá skvrna v podobě kříže. Příbuzný křižák zelený má svítivě zelený zadeček, a jak už je o u pavouků pravidlem, jen samička staví sítě. Pokoutník zemní je hojný pavouk pozoruhodný tkaním pavučinové punčošky, kterou vystýlá svůj podzemní úkryt. Při hledání hub často nacházíme spoustu takovýchto otvorů vedoucích do země. Cedivku podkorní nalezneme nejspíše pod borkou dřevin, ale i v lesních balvanitých sutích. Zápředník zvonečkový si nestaví sítě, nýbrž aktivně loví drobné živočichy. Jeho pozoruhodným výtvorem je kokon s vajíčky v podobě zvonečku zavěšený na tenké stopečce z přediva a často pokrytý vrstvou uschlého bláta. Slíďák hajní žije hojně v lesní opadance na okraji lesů. Sítě si nestaví. V červnu můžeme pozorovat po zemi pobíhající samičky s desítkami mláďat na hřbetě.
Mezi typické a nápadné motýly zdejších lesů patří např. martináč bukový se zřetelnými tmavě modrými a černě lemovanými skvrnami ve tvaru oka s bílým středem. Jeho housenky mají bizarní tvar a vyznačují se i nápadně dlouhými a rozvětvenými párovými výrůstky. Hostitelskými rostlinami jsou různé listnaté stromy.
Za teplých a slunných dnů využívá některý hmyz vzestupné proudy vzduchu, které je spolehlivě vynesou až na vrchol Blaníku. Tam se občas hromadně koncentrují a usedají na vyhřáté předměty, jako jsou skály a kameny, suché dřevo, kmeny stromů a okrajové větve keřů nebo suchá stébla a stonky. Jde o tzv. hiltoping, soustředění se hmyzu na vrcholových místech za účelem rozmnožování.