Nejstarší a zároveň nejrozšířenější geologickou jednotkou v širším území Podblanicka je česká část moldanubika. Původními horninami této jednotky (pravděpodobně staršími než 500 mil let) byly mořské sedimenty, jílovité břidlice, droby, pískovce a vápence a polohy vulkanitů. Ty byly v pozdějších několika horotvorných pochodech přeměněny (metamorfovány) na horniny, které jsou označovány jako pararuly. Při částečném tavení ve větších hloubkách vznikly horniny nazývané migmatitizované pararuly a migmatity. Z původních pískovců s vysokým obsahem křemene vznikly kvarcity a z vápenců erlany a krystalické vápence. Polohy vulkanických hornin byly přeměněny na amfibolity. Staré průniky magmatických hornin granitického složení se po metamorfóze změnily na ortoruly, ultrabazické magmatické horniny na serpentinity (hadce). V závěru posledních horotvorných pochodů nazývaných jako variská orogeneze (před 300 až 350 mil. let) pronikly do metamorfitů moldanubika magmatické horniny v podobě těles různé velikosti a tvarů. V západní části území je takové velké těleso označované jako středočeský plutonický komplex (středočeský pluton). Je složené z různých typů magmatických hornin od granitů přes granodiority, tonality až k bazickým gabrům. Magmatity při průniku tepelně ovlivnily své okolí za vzniku kontaktně metamorfovaných hornin – plodových břidlic a rohovců. V tomto období se v zájmové oblasti ve zlomově omezené depresi, nazývané Blanická brázda (dnes ji využívá tok řeky Blanice), uložily suchozemské sedimenty svrchního karbonu a permu (slepence, arkózy, pískovce, drobné slojky uhlí). Od této doby již probíhala intenzivní denudace a výzdvih celé oblasti za vzniku paroviny s mělce zaříznutou říční sítí. Ta byla v nejmladším období kvartéru silně změněna a postupně se začala vyvíjet její dnešní podoba.